Wanneer 's avonds heel Zwijndrecht is bezet, wordt in Dordrecht nog hevig gevochten. De Nederlandse regering moet met een bezetting rekening gehouden hebben: op 28 februari kregen de gemeenteambtenaren instructie tot het in veiligheid brengen van overheidsgelden en archieven. Al spoedig wordt het Noordpark bezet en ingericht als "basis"; er worden bunkers gebouwd voor munitieopslag (gemaakt van het Zwijndrechts product schokbeton, oh ironie) en een woonhuis wordt gevorderd om dienst te doen als kwartier. Zwijndrechtenaren die er moeten werken worden vrijgesteld van de Arbeitseinsatz in Duitsland. Op het terrein van Houthandel Visser wordt een afdeling artillerie met paarden ingekwartierd. Later nestelen de Duitsers zich ook in de Julianaschool, de Lindelaanschool en het schippersinternaat aan de Burg. de Bruïnelaan. De omgeving van Heerjansdam wordt onder water gezet om luchtlandingen te voorkomen. Burgers en ambtenaren worden verplicht een dijk op te werpen om te voorkomen dat ook de polder van de Groote Lindt onderstroomt. (Het schijnt dat ook de - toen nog - tuinder/kunstenaar Clement Bezemer hiervoor "gevraagd" was, maar zich hieraan wist te onttrekken.) Na de rumoerige eerste dagen herneemt het dagelijks leven zo goed als het kan zijn gang. Reeds op 30 december werd de Centrale Keuken opgericht. Het eten schijnt er goed te zijn.

Begin 1942 volgt een verordening waarin straat-, school- en ziekenhuisnamen die verwijzen naar leden van het Koninklijk Huis worden verboden. De Wilhelminastraat, de Prinses Julianastraat en de Prins Bernhardstraat worden hernoemd in Van Hoogendorpstraat, Van der Duyn van Maasdamstraat en Van Limburg Stirumstraat. Hoewel neutraal klinkend, verwijzen deze namen naar de mannen die in 1813 koning Willem I verwelkomden op het strand in Scheveningen, na diens terugkeer uit ballingschap. Bevrijders in feite. Hoewel de namen niet in strijd zijn met de verordening, worden ze niet geaccepteerd vanwege het feit dat de Duitsers ze uit de krant moeten vernemen. De Commissaris der Provincie stuurt hierover een schrijven naar alle Zuid-Hollandse gemeenten met de waarschuwing een dergelijk voorval niet opnieuw te laten plaatsvinden. De straten ontvangen uiteindelijk de namen van admiraal de Ruyter, admiraal Tromp en Piet Hein. (Het voorstel kwam van wethouder Horsman, die als tweede alternatief voorstelde Burgemeester Stoopstraat, Burgemeester Brouwerstraat en Burgemeester Nibbelinkstraat.) In 1947 worden de oorspronkelijke namen weer in ere hersteld.

Op 23 april 1942 wordt de in 1941 herbenoemde burgemeester Jansen Manenschijn om een niet nader bekend zijnde reden afgezet en door de Sicherheitsdienst gevangengenomen en op transport gesteld naar Sint-Michielsgestel. In juli worden nog twee Zwijndrechtenaren op transport gesteld (naar Haren): dominee Hagen en buizenhandelaar Piet van Leeuwen.

Als opvolger van burgemeester Jansen Manenschijn wordt door de Rijkscommissaris benoemd de N.S.B.er Abraham Aeckerlin. Wanneer burgemeester Aeckerlin wordt geïnstalleerd, legt wethouder Horsman zijn functie neer. Hij wordt vervangen door een NSB-wethouder. De andere wethouder blijft tot juni 1944 in functie. Binnen het gemeentehuis zijn er meerdere ambtenaren en politieagenten die, waar ze kunnen, de bevolking en het verzet behulpzaam zijn. Binnen die bevolking is er een klein aantal dat met moeilijkheden kampt. Twintig Joodse inwoners worden afgevoerd, slecht twee keren terug na de oorlog. Apotheker Meijer moet zijn apotheek overdragen. Maar ook juwelier Siebenrok aan de Burg. de Bruïnelaan heeft het niet makkelijk. Zijn Duitse afkomst wordt hem aangerekend. Op 6 mei 1945 is burgemeester Jansen weer present en inspecteert hij het zogenaamd Strijdend gedeelte van de Binnenlandse Strijdkrachten. Dit was praktisch het laatste wat hij als hoofd van de gemeente deed: het militair gezag, vertegenwoordigd door lt. Van Ginneken maakte burgerlijk bestuur overbodig. Door het bereiken van de pensioengerechtigde leeftijd was voor hem de tijd aangebroken zijn werk vaarwel te zeggen.

Op 19 december 1942 vindt de tramlijn naar Zwijndrecht van de Rotterdamsche Tramweg Maatschappij haar einde. Deze tramlijn liep van de Rosestraat in Rotterdam, via Barendrecht en Rijsoord, naar het Veerplein in Zwijndrecht. Ter hoogte van de huidige Maasflat lag het eindstation. Ze wordt verwijderd door de Duitsers, die de materialen voor de oorlogsindustrie willen gebruiken. Zo rijdt het stoomtrammetje zijn laatste rit en worden de rails achter het voertuig weggehaald en op de wagons geladen richting Rotterdam.

Op 21 februari 1944 wordt het in het gemeentehuis gevestigde distributiekantoor door het verzet geplunderd. Leider van de overval is Johannes Post. De overval is een groot succes, zie ook De Zwijndrechtse Distributiekraak. Maar er zijn meer verzetshelden. De eersten in Zwijndrecht die zich intensief met verzet bezig gaan houden, zijn Frits Vogel en Jan Vrolijk. Jan Vrolijk wordt in juni 1943 gefusilleerd. Frits Vogel valt in augustus van dat jaar, 35 jaar oud. Verder zijn er Gerrit Kögeler, die in januari 1945 op 24-jarige leeftijd omkwam; Gerrit de Waard, die in augustus 1944 wordt gefusilleerd (ook 24 jaar); en Nico Rijsdijk die in 1942 omkomt. Al deze mannen kregen een "eigen straat" waardoor hun namen levend blijven. Verder mag de naam van T.A. Nawijn niet ongenoemd zijn; deze man stierf in januari 1945 in kamp Sachsenhausen, opgepakt wegens het verlenen van huisvesting aan Joodse landgenoten.

In september 1944 wordt een gedeelte van de spoorbrug aan de Zwijndrechtse kant per ongeluk door de Duitsers zelf opgeblazen. Bij het aanleggen van springladingen om de brug in een noodgeval te laten springen gaat een lading onvoorzien af en kost vele Duitsers het leven. In maart 1945 laten de Duitsers een tweede boog springen, ditmaal opzettelijk. De ondermijning van de verkeersbrug wordt door het verzet voorkomen.